La alternancia del poder en Chiapas ha sido multicolor en los últimos tres sexenios, con gobiernos estatales del PRD, del PRI-PVEM y actualmente de Morena, mientras que en los ayuntamientos la hegemonía ha sido de tricolores, azules, verdes y guindas. El PRI perdió por primera vez, después de gobernar por décadas, el 20 de agosto de 2000, cuando Sami David obtuvo 46.9% de los votos, contra 52.7 por ciento del perredista Pablo Salazar Mendiguchía, quien encabezó una alianza de 8 partidos liderada por primera vez por el PRD y el PAN.
En el 2006, Juan Sabines Guerrero ganó con la coalición Por el Bien de Todos, formada por el PRD, PT y Convergencia (ahora Movimiento Ciudadano), con 46.98% de los votos. Atrás de él quedó muy cerca José Antonio Aguilar Bodegas, de la Alianza por Chiapas (PRI-PVEM) con 46.45%; Francisco Rojas Toledo, del PAN con 2.50%; Gilberto Gómez Maza, del Partido Alternativa Socialdemócrata y Campesina con 0.54%; y Emilio Zebadúa, del Partido Nueva Alianza con 0.30%.
Para 2012, el pevemista Manuel Velasco Coello ganó con 67.14% de los votos, en coalición con el PRI y Nueva Alianza. La candidata del PRD-PT-MC, María Elena Orantes, apenas logró 17.41%, y Emanuel Nivón González, del PAN, se quedó con el 9.28% de las preferencias.
En agosto de 2018, al final de su mandato, el priista Willy Ochoa lo sustituyó durante un mes, luego de que Velasco Coello ganó un escaño en el Senado, regresando en septiembre para concluir su periodo. Rutilio Escandón Cadena, expresidente del Tribunal Superior de Justicia del Estado, triunfó en las elecciones del 2018 con la alianza Juntos Haremos Historia, encabezada por Morena, PT y PES, con 39.08% de los sufragios. Fernando Castellanos, de PVEM-Chiapas Unido-Podemos Mover a Chiapas, quedó en segundo lugar con 22.85%; Roberto Albores Gleason, del PRI-PANAL, en tercero con 20.11%; y muy atrás José Antonio Aguilar Bodega, del PRD-PAN-MC, con 9.34%; y el independiente Jesús Alejo Orales Ruiz, con 2.66%.
Alcaldías van y vienen…En cuanto al mapa político de los ayuntamientos, en el 2007 era una marcada hegemonía del PRI, quien gobernaba 41 demarcaciones, además de 11 en alianza con el PVEM, por 22 del PAN, quien sumó una en alianza con Nueva Alianza; por su parte el PRD tenía 12 y otras 19 en coalición con otros partidos; el PVEM con 5; PT con 2; PT-Convergencia, 2; y PT-PVEM solo uno.
Para el 2010 el mapa pasaría en su mayoría a pintarse de amarillo. PAN-PRD-Convergencia-Nueva Alianza ganarían 53 alcaldías, por 39 del PRI, 15 del PVEM, 6 del PT, 3 del PRI-PVEM y 2 del Partido Social Demócrata de Chiapas.
En el 2012 habría nuevas elecciones para poder homologarlas con las de gubernatura. Este año comenzaba a tomar fuerza el PVEM, quien ganaría 47 municipios, además de 7 en la alianza con el PRI; por su parte el partido tricolor sumaría 42, por 15 del PRD-PT-MC, 7 del PAN, 3 de Nueva Alianza y 1 de Orgullo Chiapas.
Tres años después, en el 2015, la coalición de PRI-PVEM-PANAL mantenía la mayoría de las alcaldías, con 41, mientras que solo el PRI gobernaba 25, el PVEM se quedaría con 15; Chiapas Unido con 11, PRD con 8, PAN y PT con 2 cada uno: Morena tendría su primer municipio en Chiapas; y MC, Nueva Alianza, PRI-PVEM-PANAL y PRI-PVEM-PANAL-PCU se quedarían con uno.
En el 2018, año en el que gana Morena la gubernatura, por primera vez obtiene la mayoría de alcaldías en el estado, con 29; mismo número registraría el PVEM, mientras que el PRI se rezagaría con 18, Mover a Chiapas con 13, Chiapas Unido con 13, PRD con 7, PAN con 4, Panal con 5, y PT, MC y PES con 2 cada uno, además de 2 independientes.
En la última elección, la del 2021, PVEM fue el que ganó la mayoría, con 35 municipios; Morena quedó atrás, con 25; el PRI con 15; PT con 13; Chiapas Unido con 9; Mover a Chiapas con 7; PRD con 6; PES con 4; Redes Sociales Progresistas con 1; Fuerza por México con 1; y 2 independientes.
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