Uno de los sitios emblemáticos de Chiapas que resultaría afectado por el desarrollo de la infraestructura del Tren Maya que uniría a los estados del sureste de México, sería el Parque Nacional Palenque, un espacio natural protegido en una superficie de mil 772 hectáreas, decretado el 20 de julio del 1981.
De acuerdo con el ambientalista Amado Ríos Valdez, habría afectaciones en la Reserva de la Biósfera Calakmul en el estado de Campeche, en la Reserva de la Biósfera Sian Kaan, el Área de Protección de Flora y Fauna Uaymil en Quintana Roo y en el Área de Protección de Flora y Fauna Cañón del Usumacinta en Tabasco.
El ex delegadode la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales en Chiapas y ha sido parte de ambientalistas responsables de la conservación de estos sitios, al igual que de la Selva Lacandona.
Sostiene el biólogo, que áreas protegidas en el sureste del país son estratégicas para la conservación de los ecosistemas y las diversas especies de fauna silvestre de la región que son el patrimonio natural de los mexicanos y la humanidad que requieren de atención especial.
A su juicio, falta un estudio ambiental técnico serio e independiente de las instituciones públicas que justifique el desarrollo de la infraestructura, económicamente viable y ambientalmente sustentable, que potencie la economía de la región y no cauce daño, ni violaciones a los derechos humanos y comunitarios.
Lo que no debemos hacer es construir un elefante blanco como existen muchos en el país, además, la inversión pública anunciada es muy elevada, de orden de los 120 mil millones de pesos a 160 mil millones de pesos, por ello, la importancia de sustentar la obra.
Afirma que la región está llena de opciones de trasporte de los turistas a las zonas arqueológicas y áreas naturales y en ese sentido, el Tren Maya será una opción más y competirá con ellas, por lo que ve más viable fortalecer los seis aeropuertos, las rutas de camiones y los tours turísticos ya establecidos en los cinco estados.