De acuerdo con datos históricos el 19 de marzo de 1539, el papa Paulo III erigió la diócesis católica en Chiapas, que abarcaba el actual territorio de Tapachula. En 1818, Tapachula se convirtió en cabecera parroquial y el 19 de mayo de 1819, se fundó la Iglesia de San Agustín.
El 19 de junio de 1957 por el papa Pío XII, erigió a Tapachula como diócesis y un año después Adolfo Hernández Hurtado, fue nombrado su primer obispo, bajo cuya dirección, se fundó el Seminario Menor de San José y Nuestra Señora de Guadalupe en 1961, dando inicio los trabajos de construcción de la catedral. Y en el área educativa se fundó el Colegio Católico Instituto Tapachula y se apoyó la operación del Colegio Miguel Hidalgo.
En 1959, el papa Juan XXIII proclamó a San José, como patrono principal de la diócesis en Tapachula y en 1964, cedió parte de su territorio para la creación de la diócesis de Tuxtla Gutiérrez.
En 1971, Bartolomé Carrasco Briseño fue nombrado obispo, seguido por Juvenal Porcayo Uribe en 1981, seguido por Luis Miguel Cantón Marín en 1985 quien impulsó el Plan Diocesano de Pastoral 1985-1988 y presentó un nuevo Plan Diocesano de Pastoral de 1988-1999. Construyó la Casa de la Iglesia y continuó la construcción de la Catedral de San José y la Casa del Obispo.
Posteriormente en 1991, monseñor Felipe Arizmendi Esquivel, asumió el cargo como obispo de Tapachula. En su período se iniciaron los estudios teológicos del Seminario Mayor en Tapachula y apoyó a la diócesis de San Cristóbal de Las Casas con motivo del conflicto de 1994.
El 16 de julio de 2001 su santidad Juan Pablo II asigna a Rogelio Cabrera Cabrera a la diócesis tapachulteca fungiendo como tal hasta que el 11 de septiembre del 2004, al ser nombrado arzobispo Diócesis de Tuxtla Gutiérrez.
En 2005, el papa Benedicto XVI nombró a Leopoldo González González, como nuevo obispo de la ciudad fungiendo como tal hasta el 30 de junio de 2017. Es durante su periodo como obispo que se celebran los primeros 50 años de la fundación de la diócesis de Tapachula y en esa ocasión por decreto del papa Benedicto XVI se elevó al rango de Santuario Diocesano a la parroquia de la Inmaculada Concepción del municipio de Mazatán y la virgen es nombrada como reina de la diócesis de Tapachula.
El 15 de febrero de 2009 se concluyeron los trabajos de construcción y remodelación de la Catedral de San José cuya consagración se efectuó el 19 de marzo de 2009.
Actualmente tras casi 6 años funge como responsable de la Diócesis de Tapachula, monseñor Jaime Calderón Calderón quien deja el cargo y está por trasladarse a León Guanajuato tras ser nombrado por el Papa Francisco como Arzobispo de la Arquidiócesis de León, Guanajuato. Por ahora se sabe que estará hasta el 12 agosto en Tapachula, ya que el Derecho Canónico le permite como máximo dos meses para asumir el nuevo cargo.
Cabe señalar que actualmente la diócesis de Tapachula abarca un territorio 12 245 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos residentes en 27 municipios de Chiapas en las regiones Istmo-Costa, Soconusco y Sierra: Tapachula, Arriaga, Tonalá, Pijijiapan, Mapastepec, Motozintla, Siltepec, Bella Vista La Grandeza, Bejucal de Ocampo, Amatenango de la Frontera, El Porvenir, Mazapa de Madero, Escuintla, Acacoyagua, Acapetahua, Huixtla, Villa Comaltitlán, Tuzantán, Huehuetán, Mazatán, Tuxtla Chico, Cacahoatán, Frontera Hidalgo, Metapa de Domínguez, Suchiate y Unión Juárez.
